Paulo, voce vai criar seu banco de dados atraves do phpmyadmin, uma interface do MySQL feita em PHP. você vai instalá-la através do comando de terminarl sudo apt-get install phpmyadmin ou simplesmente procure pelo programa no Synaptics. Após a instalação, acesse http://localhost/phpmyadmin e crie seus bancos de dados.

Você não precisa se preocupar com o local físico onde os bancos de dados são salvos, isso é trabalho para o MySQL.